Joel e Clementine si amano. La loro è una storia bellissima ma, come tutte le relazioni più intense, è destinata a sgretolarsi col tempo. Clementine è arrivata al capolinea e decide di cancellare Joel dalla sua vita. Si rivolge, così, alla clinica Lacuna, specializzata nel cancellare selettivamente i ricordi. Infuriato, anche Joel passa alla clinica per farsi togliere dalla testa il loro amore. Ma durante il trattamento Joel si rende conto di non voler eliminare dalla sua mente Clementine e cerca di nascondere i ricordi legati alla sua amata mescolandoli con altri episodi del suo passato.