Nella primavera del 1482, Leonardo da Vinci arriva a Milano per dedicarsi alle infinite attività di cui il suo genio è capace: progetti di irrigazione per le campagne, stupefacenti scenografie animate per le feste di corte, opere di pittura come il ritratto della Dama con l'ermellino, donna affascinante e inquieta di cui diviene intimo amico. Ma soprattutto, Leonardo ha ricevuto da Ludovico il Moro l'incarico di creare un monumento equestre per il padre Francesco Sforza, e ha accolto la sfida decidendo di superare tutti: progetta un cavallo rampante in bronzo che sarà alto più di 7 metri. Ma una notte, mentre a lume di candela lavora a questo grandioso progetto, qualcuno bussa alla sua porta. Il duca ha bisogno del suo aiuto per una vicenda delicatissima: un giovane del suo entourage è stato trovato morto in circostanze misteriose, e tra la gente si sta diffondendo la voce che la sua morte sia una punizione divina. Leonardo non vuole grane, cerca di sottrarsi. Ma basta un cenno perché capisca che il duca sa bene dove spende molte delle sue notti: nei cunicoli sotto l'ospedale, o nei pressi del cimitero, sezionando i cadaveri per studiarne l'anatomia secondo una pratica non certo legale... Inizia così un'indagine serrata, sulla quale Leonardo prende appunti sul più segreto dei suoi taccuini, quello che nemmeno al fidato allievo Salaì è permesso di vedere e che tiene sotto le vesti, vicino al cuore. Quello di cui tutti, da centinaia di anni, desiderano conoscere il contenuto.
