Nel 1939 ebbero inizio sia il pontificato di Pio XII sia la Seconda guerra mondiale. Si aprirono anni difficilissimi per la Chiesa, durante i quali il papa scelse la politica dei silenzi e dell'imparzialità, già sperimentata da Benedetto XV nella Grande Guerra. Le violenze efferate contro le popolazioni dei Paesi occupati dalla Germania nazista e lo sterminio degli ebrei misero a dura prova quella politica, che rispondeva a esigenze di salvaguardia dei cattolici e delle opere della Chiesa, oltre che degli spazi di asilo e di accoglienza ai rifugiati, ma che derivava anche dalla necessità di proteggere il carattere sovranazionale della Santa Sede, mentre i nazionalismi cercavano di tirare il papa ciascuno dalla propria parte. Gli Alleati chiedevano a Pio XII di schierarsi pubblicamente e di condannare i crimini nazisti, mentre, nel campo opposto, quando l'Asse invase l'Unione Sovietica, italiani e tedeschi gli chiesero di benedire la "crociata- anticomunista. Papa Pacelli mantenne una linea di rigorosa imparzialità e i suoi silenzi furono in seguito oggetto di aspri dibattiti. Eppure, nella bufera della guerra la Chiesa acquistò un prestigio enorme tra le popolazioni, particolarmente in Italia, per essere rimasta al proprio posto accanto alla gente dopo l'8 settembre 1943, quando le autorità italiane fuggirono. In quel frangente, il cattolicesimo italiano e la Santa Sede giunsero a un riconoscimento pieno della democrazia e contribuirono a preparare la transizione al post-fascismo. Il libro racconta quel tempo drammatico, tratteggiando personalità e momenti significativi, in un viaggio attraverso anni decisivi per la storia d'Italia.
Il libro racconta la "battaglia per le coscienze" tra la Chiesa cattolica e il fascismo negli anni 1924-1938, con il confronto tra due modelli educativi alternativi: quello cattolico, che Pio XI rivendicava essere preminente, difendendo il ruolo educativo dell'Azione cattolica; quello fascista, teso a inquadrare gli italiani nelle organizzazioni del regime e a farne dei "credenti", devoti al culto del littorio. La Chiesa e il fascismo, entrambi impegnati nel tentativo di egemonizzare la vita italiana, coabitarono e collaborarono, in una sorta di pace armata, mentre ciascuno tentava di assorbire l'interlocutore nel proprio primato ideologico: la Chiesa cercò di cattolicizzare il fascismo; Mussolini, che giunse a definirsi "cattolico e anticristiano", delineò un'ideologia che valorizzava il cattolicesimo in senso identitario, culturale e nazionale, per cercare di inglobarlo nella visione fascista dell'Italia e del suo ruolo nel mondo. Con l'avvicinamento ideologico al nazismo e con la svolta razzista del 1938 caddero le illusioni del mondo cattolico italiano di poter cattolicizzare il fascismo, mentre Mussolini decise di "tirare dritto" sul razzismo, ignorando le proteste di Pio XI. Erano i primi segnali di uno scontro ben più drammatico che si sarebbe aperto in Europa tra lo Stato razziale e l'universalismo cristiano.
Il libro è incentrato sul rapporto iniziale tra la Chiesa cattolica e il fascismo. Ricostruisce il clima sociale e politico dell'Italia tra la Grande Guerra e il dopoguerra, per rintracciare le origini culturali del fascismo, inizialmente molto legato alla cultura combattentistica e al mito della guerra rigeneratrice. Descrive il mutevole atteggiamento di Benito Mussolini verso la religione e la Chiesa cattolica, dalla fase giovanile della polemica ateista e anticristiana, sino alla svolta filocattolica dei primi anni Venti. Analizza le reazioni di parte cattolica di fronte all'avvento del fascismo e descrive i cambiamenti che intercorsero dopo la marcia su Roma e la nascita del governo Mussolini. Una parte del libro è dedicata alle diverse posizioni del cattolicesimo politico e alle vicende del Partito popolare italiano, con particolare attenzione al tema della nazionalizzazione dei cattolici, al loro ingresso nella vita politica nazionale e al binomio "fede e patria". Il libro affronta anche la questione della "religiosità" fascista, soffermandosi sul vasto apparato di riti, credenze, devozioni e simboli che fondava una fede alternativa alla fede cristiana. Descrive inoltre il tentativo mussoliniano di contrapporre cattolicesimo e cristianesimo e d'inglobare il primo, in chiave identitaria, nell'idea fascista di nazione.