Perché per un cinquantennio le pareti della Basilica superiore rimasero bianche nonostante Francesco riposasse, in quella inferiore, dal 1230? Occorreva lodare il fondatore ma nello stesso tempo raccordare i suoi ideali di povertà assoluta agli stridenti cambiamenti avvenuti nel frattempo: i frati rifiutavano ormai il lavoro manuale, studiavano e volevano essere mantenuti dai fedeli. Secondo l'autrice, gli affreschi, legati l'uno all'altro, dipendono da un unico e coerente programma; fu realizzato però in tempi diversi, da Cimabue in poi, fino al ciclo dedicato al santo, dipinto sotto Nicola IV (1288-92), il primo papa francescano, ciclo che si basa sulla "Legenda maior" di Bonaventura. Ma un'altra sua opera è da tenere presente: le "Collationes in Hexaëmeron", Accettando in modo prudente ma deciso le previsioni di Gioacchino da Fiore e dello pseudo-Gioachino, si attua il raccordo fra posizioni inconciliabili. Francesco ha anticipato, come un prototipo, l'Ordine perfetto dei contemplativi che si concretizzerà solo in futuro, Ordine che non è ancora quello di Bonaventura. I suoi frati, preparandosi attraverso lo studio e la dotta predicazione, concorrono perciò attivamente a realizzare il progetto divino. In un volume illustrato, Chiara Frugoni, studiosa di Francesco e di iconologia francescana, offre un'inedita chiave interpretativa dell'intera Basilica superiore.
Chiara Frugoni ha scritto una guida della Cappella Scrovegni in stretto rapporto con il DVD. Oltre alla spiegazione del ciclo di Giotto, l'autrice ne presenta un'interpretazione nuova che ha per protagonista il committente Enrico Scrovegni, per nulla pentito delle ricchezze accumulate e dell'ombra del peccato d'usura. Il DVD documentario contiene le splendide riprese della Cappella degli Scrovegni a Padova, eseguite dopo i recenti restauri del 2002. Esso consente di esaminare tutti gli affreschi di Giotto, ascoltando il commento di Chiara Frugoni che ne illustra il significato e il contesto. Un modo particolare per ammirare la Cappella, consacrata 700 anni fa, il 25 marzo 1305.