In Marco Aurelio, prima console e poi imperatore romano nel II secolo, Renan ritrova quella stessa passione per la filosofia e la ricerca intellettuale che aveva segnato il suo passaggio dagli studi teologici a quelli filosofici. Scritto nel 1882, come parte del più ampio progetto di una storia delle origini del Cristianesimo, il racconto della vita di Marco Aurelio assume le forme di una profonda riflessione sui concetti di giustizia e tolleranza e del loro rapporto con lo sviluppo politico e sociale dell'uomo. La Roma imperiale riproduce quella tensione tra il pensiero filosofico e l'idea religiosa, che ancora non riesce a trovare una composizione pacifica. Marco Aurelio, fedele alle tradizioni della società romana, non fermerà la persecuzione dei credenti, di cui mal tollerava la spiritualità astratta e irrazionale. Tuttavia, egli sarà sempre un "mite persecutore" e non sarà in grado di fermare lo sviluppo ormai straripante della Chiesa di Roma.
Ernest Renan, pioniere nello studio delle religioni e scrittore di genio, ricostruisce la vita, la conversione, i viaggi, la predicazione e la morte dell'apostolo Paolo. Incrociando la narrazione degli eventi contenuta negli Atti degli Apostoli e nelle epistole con altre fonti antiche, Renan conferma l'esattezza delle informazioni riportate nelle Scritture e ne offre una propria, originale interpretazione storico-critica. Lo scrittore dipinge Paolo quale leader carismatico, protagonista del duro scontro interno alla prima comunità cristiana. Nell'apostolo l'autore riconosce tanto il fine teologo quanto il politico accorto: il vero fondatore della cristianità e l'iniziatore di un nuovo pensiero, ma anche l'origine dell'intransigenza e della rigidità dogmatica della Chiesa. "San Paolo" venne pubblicato nel 1869, come terza parte di una ambiziosa "Storia delle origini del Cristianesimo", opera in sette volumi, di cui erano già usciti il controverso "Vita di Gesù" (1863) e "Gli Apostoli" (1866). Racconto di una vertiginosa avventura umana e insieme riflessione sulla fede, il libro testimonia oggi il ruolo di Renan come grande precursore della religiosità contemporanea.