L'ateismo risulta per Kojève un problema filosofico e non soltanto una risposta laica all'istanza religiosa, reale o presunta, che oggi attraversa un po' ovunque una fase di inattesa reviviscenza. La negazione dell'esistenza di Dio non apre, qui, alla condizione pacificante di chi pensa di aver messo a tacere il problema religioso. Se l'uomo è ciò che resta dalla negazione di Dio, il problema filosofico dell'ateismo è quello della natura dell'uomo, o meglio della possibilità costitutiva e paradossale dell'essere umano di cogliere la presenza di ciò che è assente: la "datità di ciò che non è dato", la "datità del nulla". A questa possibilità Kojève dà il nome di desiderio, e legge la Fenomenologia dello spirito come la più appassionata narrazione moderna sull'origine dell'uomo, un'"antropologia atea". In quest'opera giovanile sono presenti già in embrione le idee e il metodo che rendono ancora oggi viva l'attenzione dei lettori e degli studiosi sul filosofo della "fine della storia" e della "fine dello stato".