Il Rapporto 2006 sull'integrazione europea è diviso in due sezioni. La prima, monografica, ha l'obiettivo di fare il punto sullo stato dell'Unione europea e sulle sue prospettive in questa fase di crisi, con particolare riguardo al campo delle politiche sociali ed economiche. La seconda è invece divisa in rubriche: sugli sviluppi istituzionali, l'Unione allargata e l'economia mondiale, la costruzione dello "spazio di libertà, sicurezza e giustizia" (con particolare attenzione alla lotta al terrorismo), la politica estera e di difesa.