Con gli Stromati Clemente affronta diversi temi teologici. Questa sua opera è una miniera per conoscere il pensiero corrente dei primi secoli della nostra era. Il Libro V tratta della fede e in particolare della necessità di un accostamento alla fede che sia familiare a chi cerca la sapienza: di qui l'importanza dell'uso dell'allegoria, già utilizzata dai Pagani. I Libri VI e VII riguardano la figura dello gnostikòs, il 'consapevole'. È colui che mira a conoscere. Perciò si occupa di ogni disciplina che serva alla conoscenza della verità. Egli è l'unico vero pio: culto di Dio è per lui la continua cura dell'anima e il servizio verso gli uomini. Tre sono gli esiti della capacità consapevole, anzitutto la conoscenza, poi compiere le parole del Verbo, e infine trasmettere in modo degno di Dio i segreti della verità. Il frammento rimasto del Libro VIII riguarda le diverse modalità di conoscenza e comunicazione.
Con gli "Stromati" Clemente affronta diversi temi teologici, incentrati sulla figura del perfetto cristiano. Nei primi due Libri l'autore valorizza la filosofia pagana, considerata propedeutica alla fede: se nelle intuizioni filosofiche dei Greci c’è stata come una sorta di furto del pensiero biblico come alcuni sostenevano, la Provvidenza, tesa alla salvezza di ogni uomo, ne ha tratto un esito molto positivo per tutti. Il terzo e quarto Libro hanno argomenti più specifici. Il terzo affronta il tema della sessualità umana e della scelta fra verginità e matrimonio: Clemente valorizza ogni aspetto della volontà del Creatore, quindi anche la finalità della differenza sessuale, opponendosi sia agli edonisti sia agli encratiti che disprezzano il corpo. Il quarto libro è dedicato alla testimonianza e al martirio, che non va ricercato, ma accolto per amore.