Signo expresivo del pensamiento de su autor, el Discurso del método (1637) es también huella fehaciente de las tensiones y problemas de una época. Confluencia de diferentes proyectos, la articulación del texto se observa, más que en el discurso del método como tal, en la tarea de fundamentar el nuevo saber —teórico y práctico— moderno. El estilo autobiográfico, más vivo en la Parte I, opera como máscara que acentúa un determinado gesto: destruir críticamente el viejo edificio del saber y alzar sobre otros cimientos el saber moderno. La Parte II especifica el cimiento epistemológico (metodológico), iniciado en las Reglas, y formula la exigencia de nuevo fundamento (ontológico). El nuevo saber es también práctico; de ahí el esbozo original de la moral —Parte III—, que desarrollará en Cartas y en las Pasiones del alma. La meditación metafísica de la Parte IV —continuada en Meditaciones metafísicas— constituye uno de los signos de la época moderna, al darle un fundamento de su figura mediante una determinada interpretación de lo existente y de la verdad. Nuevo signo es la ciencia física de la Parte V, donde resuenan El Mundo y la voz polémica de Galileo. En la Parte VI aparece un tercer signo, la máquina o la técnica, aplicación práctica del saber
Fruto de toda una biografía que ha tenido el pensamiento como principio, Las pasiones del alma (1649) es la última obra publicada por Descartes en vida y puede considerarse como su testamento filosófico. Escrita a instancias de la princesa Isabel de Bohemia, quien pedía reiteradamente a su «instructor» aclaraciones sobre la relación en el ser humano entre dos sustancias tan distintas como el alma y el cuerpo, en ella encontramos una serie de reflexiones que profundizan, precisan o rectifican algunas de las tesis que Descartes había sostenido con anterioridad. La obra, elaborada con la intención de «explicar las pasiones —en palabras del autor— no como orador, ni tampoco como filósofo moral, sino solamente como físico», consta de tres partes, «de las que la primera tratará de las pasiones en general, y en ocasiones de la naturaleza del alma, etc.; la segunda, de las seis pasiones primitivas, y la tercera, de todas las demás». De hecho, Descartes inicia su explicación sobre las pasiones por una descripción de la fisiología humana, para acabarla con una reflexión acerca de la moral, tras dar cuenta de las mismas como resultado de la unión del alma y el cuerpo. Fisiología, interacción alma-cuerpo y moral son los temas que articulan el contenido de este libro.