Nel corso della sua lunga attività di insegnamento presso le Università di Padova e di Bologna, Pietro Pomponazzi si confrontò ripetutamente con il De anima di Aristotele e con il relativo commento di Averroè. Il suo primo corso svolto in qualità di professore ordinario a Padova risale al 1499, il frutto più maturo delle sue riflessioni è sicuramente il celebre Tractatus de immortalitate animae, pubblicato a Bologna nel 1516, che lo proiettò al centro di polemiche, discussioni e condanne. Gli studenti del Pomponazzi ci hanno tramandato gli appunti di numerosi suoi commenti al Corpus aristotelicum. Fra questi, di particolare interesse è l'esposizione sul primo libro del De anima, che il professore svolse a Padova sul cadere dell'anno 1503, e che fu riportata e messa in bella copia da un nobile veneziano, Antonio Surian, che frequentava le sue lezioni. Il volume presenta l'Expositio super I De anima secondo l'unico manoscritto che ci è pervenuto, conservato nella Biblioteca Nazionale di Napoli (VIII D 81), e reca un fondamentale contributo alla ricostruzione della formazione e dello sviluppo della dottrina psicologica pomponazziana.
"I Tractatus mere peripatetici", editi tra il 1514 e il 1521, appartengono tutti al fecondo periodo dell'insegnamento bolognese del Pomponazzi e rappresentano il tentativo di ricondurre al puro e genuino testo aristotelico tanto le problematiche suscitate dai fisici oxoniensi intorno alla quantizzazione delle qualità, quanto quelle, di forti implicazioni teologiche, relative alla mortalità dell'anima. Al primo ambito si iscrivono i primi tre trattati (il De intensione del 1514, il De reactione e la Quaestio del 1515), in cui Pomponazzi polemizza con i fisici mertoniani e, dimostrando la sostanziale inconsistenza delle loro dottrine, spegne gli entusiasmi suscitati in Italia dalla logica calculatoria. Al secondo ambito si iscrivono il "De immortalitate animae" del 1516, il più fortunato dei trattati perettiani, "L'Apologia del 1518" e il "Defensorium" del 1519, tutti centrati sul tema della mortalità dell'anima. La radicalità della tesi non mancò di provocare la reazione degli ambienti cattolici, soprattutto veneti, che accusarono l'autore di eresia.