Il de divisione naturae costituisce una grande epopea metafisica intorno al concetto di natura considerato come la totalità delle realtà esistenti e non esistenti. L'articolazione dell'opera in cinque libri ripercorre la suddivisione della natura nelle sue quattro principali divisioni: la natura creante e non creata, cioè Dio inteso come causa del tutto, la natura creante e creata, cioè il Verbo di Dio all'interno del quale si individuano i principi generali della creazione, la natura non creante e creata, costituita dalla processione della seconda natura all'interno del mondo creato, e infine la natura non creante e non creata cioè Dio considerato come fine ultimo cui tendono tutti gli esseri creati. Accanto a questa struttura, che ricalca le teorizzazioni dei filosofi neoplatonici, si trova un vasto commentario ai primi sei giorni della creazione secondo il racconto della Genesi, all'interno della quale l'uomo costituisce il centro di maggiore interesse in quanto, grazie alla sua funzione mediatrice, costituisce contemporaneamente la ragione della processione dalle cause negli effetti e il punto di partenza grazie al quale la molteplicità del mondo materiale potrà ricongiungersi con il suo principio originario, cioè Dio.
"Dio dunque non sa di se stesso che cos'è, perché non è un "che cosa"." Questa frase sconcertante si legge verso la fine del Libro II del "Periphyseon" di Giovanni Scoto Eriugena. È la formulazione esplicita di quella "ignoranza divina" che costituisce uno dei temi principali di questo Libro: "il più labirintico dei cinque", pieno di digressioni, excursus, e persino di riflessioni sulla natura e le diverse specie di digressioni. Se infatti il suo tema centrale è la seconda divisione della natura - la natura che è creata e crea, cioè le cause primordiali - gli argomenti che emergono nel corso della trattazione sono molti e affascinanti: il ritorno di tutte le cose alla loro origine divina, l'ascensione di Cristo come viaggio che supera la separazione fra terra e cielo, la processione dello Spirito dal Padre e non dal Figlio, le triadi divine e umane, il compimento della divisione di tutte le sostanze nella natura umana. Scritto in un latino straordinario da uno dei pochissimi filosofi del Medioevo che conoscessero il greco, e profondamente influenzato dal pensiero di Padri greci quali Basilio, Massimo il Confessore, Gregorio di Nissa e Gregorio di Nazianzo, e qui, nel Libro II, ispirato non soltanto alla speculazione neoplatonica, ma anche a un mito cosmogonico più antico, "Sulle nature dell'universo" è vibrante testimonianza personale che si presenta come "racconto immaginario di un'immagine".