Luglio 1815. Quando Daniel Connor, giovane e brillante studente di medicina, lascia Edimburgo alla volta di Parigi, immagina il suo destino come una strada che punta dritta verso un futuro radioso. Nella capitale francese, ritornata accessibile dopo la caduta di Napoleone a Waterloo, potrà seguire la sua vocazione di uomo di scienza, diventando assistente del famoso Georges Cuvier, professore di anatomia comparata. Daniel è ancora ignaro delle insidie che minano ogni cammino, dei meandri e delle deviazioni possibili, capaci di scardinare certezze e offrire prospettive inaspettate.
Nel suo caso, l’imprevisto ha le sembianze seducenti di una donna: Lucienne, dalla voce profonda e i tratti esotici, sua compagna di viaggio per lo spazio di una notte. Nella carrozza che percorre le ultime miglia prima dell’arrivo, la donna gli parla di filosofia e di scienza, dell’origine della terra e del mutare delle specie. E sembra conoscere dettagli della vita di Daniel senza che lui glieli abbia mai rivelati. Cullato da quella voce suadente, Daniel si addormenta. Ma al suo risveglio scopre che la donna è sparita e, con lei, il bagaglio in cui il giovane custodiva preziosi appunti raccolti in anni di studi, lettere di presentazione e doni per Cuvier, tra cui tre rari fossili di corallo.
Da quel momento, il destino di Daniel seguirà una nuova traiettoria. Il suo ingresso a Parigi coinciderà con una discesa in una spirale di passione e ossessione, sulle tracce della ladra misteriosa. E in quella città labirintica e sotterranea, popolata da pensatori audaci tacciati di eresia, il giovane dovrà mettere in gioco la sua carriera, le sue convinzioni e la sua libertà.
A Cambridge, in una fredda mattina di pioggia, un corpo viene ritrovato nel fiume limaccioso che scorre intorno all’università. Galleggia tra i giunchi avvolto in un cappotto rosso; stretto in mano, un antico prisma di vetro.
Si tratta di Elizabeth Vogelsang, storica inglese ossessionata dal xvii secolo e dall’alchimia, che stava scrivendo una biografia su Newton e sui suoi possibili legami con le reti alchimistiche dell’epoca. Negli anni in cui il giovane Isaac iniziava a frequentare il Trinity College, a Cambridge si erano verificate una serie di morti misteriose, sulle quali Elizabeth stava indagando. Ora però il suo libro, "L’alchimista", resta incompiuto, le sue scoperte sepolte sotto la polvere e i mille oggetti stravaganti – antichi manoscritti, teschi di animali e conchiglie – che affollano gli scaffali del suo Studio.
Quando Lydia Brooke, giovane amica di Elizabeth, acconsente a terminare l’opera in qualità di ghost-writer, strani episodi iniziano a tormentarla. Improvvisi lampi di luce che danzano sui muri, documenti che spariscono e ricompaiono altrove e la sagoma di una figura umana che la segue di continuo e poi fugge via, avvolta in una pesante cappa. Rossa come le toghe che indossavano i professori emeriti nel Seicento.
Intanto Cambridge è colpita da una serie di episodi di violenza sempre più efferati. E quando la catena degli eventi precipita trasformandosi in una scia di sangue, Lydia si renderà conto che tra le morti di oggi e quelle di quattro secoli prima esiste uno stretto legame, e che alcuni fantasmi non possono essere messi a tacere.