L'antefatto di questa storia l'hanno scritto e raccontato in tanti - un meteorite si schianta sulla Terra, il genere umano si estingue - ma in pochi hanno descritto ciò che avviene dopo. Il dopo, secondo Paolo Villaggio, assomiglia molto a un tribunale. Ci sono i giudici - Dio, Gesù, Buddha, Maometto, le divinità indiane e diversi intrusi -, c'è un segretario - la Colomba - e ci sono i "chiamati in giudizio" - l'umanità intera. All'inizio, certo, c'è confusione, parecchia confusione. Ogni divinità vuole prevalere, avere la prima - o l'ultima - parola, stabilire la supremazia in base alla conta dei fedeli. Ben presto, però, il Giudizio comincia, non c'è tempo da perdere. In rigoroso ordine alfabetico, uomini e donne vengono invitati a esporre la bontà o meno del loro operato terreno. Come un cronista appassionato e curioso, Paolo Villaggio assiste alla "chiamata" e alle "testimonianze", concentrandosi sui personaggi più noti della Storia. Da Maria Antonietta a Hitler, da Leonardo da Vinci a Cristoforo Colombo, da papa Wojtyla a Zinédine Zidane. Paolo Villaggio compone alla sua maniera un rocambolesco ritratto di famiglia dell'Umanità. E sullo sfondo, tra i Grandi, un piccolo ragioniere spintona per farsi largo, perché anche lui ha qualcosa da dire.
Non è un saggio. Non è un libro di filosofia. Non è solo uno squassante romanzo comico. "Storia della libertà di pensiero" è queste tre cose insieme, è un excursus in due millenni di storia. Paolo Villaggio amalgama brillantemente verve comica, graffiante irriverenza e grottesca determinazione per dar vita a un match senza esclusione di colpi tra storia e ironia, filosofia e comicità. Nei capitoli di "Storia della libertà di pensiero" Paolo Villaggio si diverte a ricostruire biografie (anche molto immaginarie), fatti esemplari, frasi famose, e tutto ciò che i libri di scuola non ci hanno raccontato.