Scritto per la riforma di un monastero benedettino, questo "Discorso sulla riforma dell'uomo interiore", per la prima volta tradotto in italiano, è uno degli scritti più segreti di Giansenio, lontani dai rumori del mondo, ma anche tra i più significativi. Sainte-Beuve ci racconta come questo testo arrivò nelle mani di Blaise Pascal. I temi austeri, rigorosi, spietati di Giansenio, che condannava i tre peccati fondamentali dell'uomo, sconvolsero l'anima del giovane Pascal e dettero un nuovo indirizzo al pensiero scientifico, filosofico, teologico di una delle più alte menti della cultura occidentale.
"L'Apologia de' teologi scolastici", scritto durante i dodici anni di detenzione a causa dei dissidi con le autorità ecclesiastiche, si presenta come un'analisi sull'incapacità del cristianesimo di adattarsi alla vita civile. Non a caso tale opera era preceduta dai "Discorsi sulle deche di Tito Livio", che sottolineava come invece i Romani avessero una religione del tutto compatibile con lo sviluppo della vita civile. Nell'Apologia Giannone cerca di dimostrare che gli errori della teologia scolastica erano solo conseguenze delle precedenti invenzioni e fraintendimenti dei Santi Padri, senza salvare in questa disamina né Agostino né Gerolamo.