Cento anni separano il "Tractatus theologico-politicus" di Spinoza (1670) dal "Système de la nature" di d'Holbach (1770), alba e tramonto di un'epoca. Un'epoca in cui si è cercato di dare una veste filosofica nuova a quella ribellione contro la teologia che è sempre stata latente, in varie forme, nella cultura occidentale, ma che soltanto tra Sei e Settecento ha raggiunto una piena visibilità e una piena consapevolezza di sé. Meteora della modernità, l'ateismo filosofico ha una sua storia, non indegna di essere raccontata, che si dipana spesso nell'ombra e quasi sempre in forma parassitaria come reazione all'imperante pensiero teologico. In realtà, c'è stato un vero e proprio ateismo filosofico, nel pensiero moderno, soltanto finché c'è stata una teologia filosofica degna di questo nome, e cioè dall'età cartesiana fino a Kant. Rompendo con una tradizione millenaria, Cartesio aveva rivendicato la possibilità di una conoscenza "chiara e distinta" di Dio, aprendo la strada a una teologia nuova, che intendeva assurgere al ruolo di scienza al pari della fisica e della matematica. Ma così come si era reso Dio oggetto di scienza, lo si era anche reso oggetto di analisi e critiche prettamente scientifiche; e così come, da quel momento in poi, lo si poteva affermare scientificamente, lo si poteva negare con altrettanta scientificità: Dio era diventato falsificabile.
"Considerando che tutti i pensieri che abbiamo da svegli possono venirci in mente anche quando dormiamo senza che, peraltro, nessuno sia vero, decisi di fingere che tutto ciò che mi era passato per la mente non fosse più vero delle illusioni dei sogni. Ma subito dopo mi resi conto che mentre io volevo pensare così, che tutto era falso, bisognava necessariamente che io, che lo pensavo, fossi qualcosa. E osservando che questa verità, penso dunque sono, era così salda e certa che tutte le più stravaganti supposizioni degli scettici non erano capaci di scuoterla, giudicai di poterla accettare senza scrupolo come il primo principio della filosofia che cercavo" (G. Mori).