Dal suo primo incontro con il Crocifisso in una grotta di Assisi fino al prodigio delle stimmate, vari fenomeni d'ordine carismatico accompagnano, secondo le fonti antiche, l'esperienza mistica di Francesco: apparizioni, rivelazioni private, levitazioni, bilocazioni, scienza infusa, discernimento delle coscienze. Questa profonda dimensione spirituale si associa, nella vita del santo, all'impresa di dare una forma al suo ordine attraverso l'ampia e severa Regola non bollata, presto sostituita con la Regola bollata, scritta con uno stile un po' più curiale, ma pienamente conforme alle aspirazioni del Poverello. Il suo testo più noto resta tuttavia il Cantico delle creature, unica sua opera in volgare, che inaugura l'era dei grandi poeti mistici come Giovanni della Croce, Teresa d'Avila e Pietro d'Alcantara.